Mengikut cerita yang diturunkan dari generasi ke generasi, seni silat ini diasaskan oleh Tuan Syeikh Ali seorang pendakwah sebelum datangnya penjajah di kepulauan Sumatera, Indonesia. Dipercayai Islam baru sahaja bertapak di sana pada waktu itu. Disamping mendidik masyarakat, beliau mengajar kaedah persilatan dari ilham beliau. Ilham ini wujud secara spontan atau dalam keadaan tertentu hasil dari keperluan untuk mempertahankan diri yang mendesak diwaktu itu. Terdapat 7 perkembangan besar dalam kaedah persilatan beliau yang mewujudkan 7 tahap dalam perguruan ini. Setiap gelanggang terdapat perbezaan kaedah dan falsafah yang agak ketara.

Tahap terakhir dinamakan Silat Bongsu yang bersifat ringkas dan padat menjadi kesimpulan dalam perguruan ini serta berfungsi sebagai kunci gerak yang juga dikenali sebagai Ibu Silat. Berikut antara pewaris guru-guru utama  Silat Bongsu selepas Tuan Syeikh Ali disusun mengikut generasi zaman dahulu:

1. Guru Qodim
2. Katik Pasok
3. Muhammad Soleh
4. Malim Siroh
5. Pendekar Rohim (Pendekar Lima)
6. Atuk Haji Husin

Terdapat juga tahap-tahap lain yang lebih rumit serta terperinci kaedahnya. Ianya menjadi keterangan dan kupasan kepada Silat Bongsu. Antara guru-guru utama tahap yang lain:

1. Bapak Buyong
2. Tuan Haji Deris
3. Ustaz Ramli
4. Che Mail Kedah
5. Pak Haji Harun
6. Haji Nong Bugis
7. Tuan Haji Shahrom

Ada lagi guru-guru lain yang tidak sempat disenaraikan disini. Ada diantaranya telah lama meninggal dunia dan ada yang tidak lagi mengajar. Kini, kebanyakan individu mewarisi hanya sebahagian dari seni silat ini disebabkan faktor perubahan zaman dan gaya hidup. Untuk menguasai kesemua tahap gelanggang mengambil masa tidak kurang dari 7 tahun jika dipelajari setiap hari. Untuk kemahiran bersilat memadailah sekadar mempelajari setakat 3 tahap yang pertama.

Seni silat ini telah lama tersebar secara cebisan dan tidak digabungkan seperti asal menjadi satu. Semua kaedah dan langkah tersebut kini diperhalusi, dimantapkan dan dikombinasikan secara teratur dan sistematik dalam perguruan ini. Setiap peringkat perkembangan seni silat ini adalah unik dan tersendiri biar pun dari sumber yang sama. Kepelbagaian ini menyumbang kepada lahirnya berbagai nama perguruan yang berbeza. Kadangkala nama baru terpaksa diberikan kerana peringkat tersebut asalnya tidak bernama. Diantara nama-nama tersebut ialah:

1. Silat Bongsu
2. Seni Silat Natar
3. Silek Natar Tuo
4. Seni Silat Syeikh Ali
5. Seni Silat Telapak Natar
6. Gayong Mendahiling
7. Silat Minang Syeikh Ali
8. Silek Tuo Syeikh Ali
9. Seni Silat Nuntoro
10. Seni Silat Sobok
11. Seni Silat Melayu Syeikh Ali